Wzgórza Szeskie, jako cześć Pojezierza Mazurskiego, położone są na północy Polski. Graniczne obszary Wzgórz to: Kraina Węgorapy i Puszcza Romincka (na północy), Pojezierze Zachodniosuwalskie (na wschodzie) i Pojezierze Ełckie (na południu i zachodzie). Administracyjnie Wzgórza Szewskie znajdują się w województwie warmińsko-mazurskim.